ولی ظاهرا این اصلاحات هیچ مزیتی را برای جنبش اخوان و اعضای این گروه به‌دنبال نداشته است.
محدودیت‌های دولت مصر همچنان با شدت در قبال این جنبش اعمال می‌شود. به جرأت می‌توان ادعا کرد که امروزه هیچ جریانی به اندازه اخوان‌المسلمین تحت کنترل نیروهای امنیتی حکومت قاهره قرار ندارد. روابط پر تنش اخوان و دولت مبارک طی یک سال بعد از عملیات ارتش اسرائیل در نوار غزه چندین برابر شده است؛ به‌گونه‌ای که از آن زمان به بعد بیش از 1500 تا 1700 نفر از اعضای این جنبش در بازداشت دولت مبارک به‌سر می‌برند و جنبش اخوان هم‌اکنون یکی از حساس‌ترین برهه‌های تاریخ خود را می‌گذراند. براساس آخرین خبرهای رسیده از مصر تعدادی دیگر از اعضای اخوان در چند روز اخیر به بازداشت‌شدگان قبلی اضافه شده‌اند.
فشارهای دولت قاهره در شرایطی علیه اخوانی‌ها افزایش‌یافته است که این روزها کادر رهبران اخوان از نوعی اختلافات درونی نیز رنج می‌برند. شیخ مهدی العاکف، رهبر و مرشد فعلی اخوان‌المسلمین این روزها از تمایل خود برای استعفاء سخن گفته است و دلیل این امر هم ظاهرا در تخطی برخی از چهره‌های مطرح اخوان از فرامین او عنوان شده است.
دولت مبارک هیچ‌گاه جنبش اخوان را به رسمیت نشناخته است و این جنبش هم‌اکنون با محدودیت‌های فراوانی موفق به اخذ مجوز شده است و با تمام اینها استخبارات مصر همواره با دقت بالایی تحولات درونی این جنبش را زیر نظر داشته است. هستند طیف‌هایی از اخوان که هنوز با رویکردهای سیاسی از ناحیه اخوان موافق نیستند و بر ماهیت اخلاقی و موعظه‌گرایانه جنبش تأکید می‌ورزند. اینها بر این باورند که شیخ حسن‌البناء بنیانگذار و نخستین مرشد اخوان با در نظر داشتن اهدافی غیرسیاسی اقدام به ایجاد این جنبش کرده است و مرامنامه اخوان هم به ماهیت موعظه‌گرایانه این گروه مهر تأیید زده است.
در تقابل با این دیدگاه عده‌ای دیگر از رهبران اخوان نیز هستند که مبارزات سیاسی را البته از طرق مسالمت‌آمیز از اساسی‌ترین اصول اخوان دانسته‌اند و هم‌اکنون نیز این گروه خود را به نوعی اصلاحات بطئی و اجتماعی و تقابل با سیاست‌های دولت مرکزی پایبند می‌داند.
از این دو جناح معمولا به جناح‌های سنت‌گرا و اصلاح‌طلب یاد می‌کنند ولی با تمام اینها هیچ‌گاه شکاف‌های درونی این جنبش در حدی نبوده است که رهبری جنبش تصمیم به استعفاء بگیرد. دولت مصر بر اختلافات درونی اخوان وقوف کامل دارد و معمولا به نفع جریان اول، یعنی اخوانیون غیرسیاسی گام‌هایی را برداشته است، لذا بسیاری بر این باورند که بازداشت‌های اخیر تعدادی از اعضای اخوان حرکتی به سوی تقویت جریان غیرسیاسی این گروه است و هدفی جز تضعیف سیاسیون اخوانی ندارد.
هر چند خبر استعفای شیخ عاکف از سوی برخی رهبران این جنبش رد شده است ولی شواهد و قراینی در دست است که نشان می‌دهد که اخوان هم‌اکنون خود را برای یک انتخابات درونی و انتخاب مرشد جدید آماده می‌کند؛ انتخاباتی که دولت مصر قطعا در برابر آن بی‌تفاوت نخواهد بود و تمام تلاش‌های خود را برای تأثیر‌گذاری بر ساختارهای درونی این جنبش به کار خواهد بست. اینکه کدام یک از طیف‌های دوگانه به رهبری اخوان خواهند رسید، بحثی است که باید به آینده موکول کرد و نتایج این انتخابات درونی را نظاره‌گر شد.
